Connecting MetaProteomeAnalyzer and PeptideShaker to Unipept for Seamless End-to-End Metaproteomics Data Analysis
- Although metaproteomics, the study of the collective proteome of microbial communities, has become increasingly powerful and popular over the past few years, the field has lagged behind on the availability of user-friendly, end-to-end pipelines for data analysis. We therefore describe the Connection from two commonly used metaproteomics data processing tools in the field, MetaProteomeAnalyzer and PeptideShaker, to Unipept for downstream analysis. Through these connections, direct end-to-end pipelines are built from database searching to taxonomic and functional annotation.
Autor*innen: | T. Van den Bossche, P. Verschaffelt, K. Schallert, H. Barsnes, P. Dawyndt, D. Benndorf, B. Y. Renard, B. Mesuere, L. Martens, Thilo MuthORCiD |
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Dokumenttyp: | Zeitschriftenartikel |
Veröffentlichungsform: | Verlagsliteratur |
Sprache: | Englisch |
Titel des übergeordneten Werkes (Englisch): | Journal of Proteome Research |
Jahr der Erstveröffentlichung: | 2020 |
Organisationseinheit der BAM: | VP Vizepräsident |
VP Vizepräsident / VP.1 eScience | |
Verlag: | ACS Publications |
Jahrgang/Band: | 19 |
Ausgabe/Heft: | 8 |
Erste Seite: | 3562 |
Letzte Seite: | 3566 |
DDC-Klassifikation: | Naturwissenschaften und Mathematik / Chemie / Analytische Chemie |
Freie Schlagwörter: | Bioinformatics; Metaproteomics; Pipelines; Software |
Themenfelder/Aktivitätsfelder der BAM: | Chemie und Prozesstechnik |
DOI: | 10.1021/acs.jproteome.0c00136 |
Verfügbarkeit des Dokuments: | Datei im Netzwerk der BAM verfügbar ("Closed Access") |
Datum der Freischaltung: | 30.09.2020 |
Referierte Publikation: | Ja |
Datum der Eintragung als referierte Publikation: | 30.09.2020 |