Probability based taxonomic profiling of viral and microbiome samples using PepGM and Unipept
- In mass spectrometry based proteomics, protein homology leads to many shared peptides within and between species. This complicates taxonomic inference in samples of unknown taxonomic origin. PepGM uses a graphical model for taxonomic profiling of viral proteomes and metaproteomic datasets providing taxonomic confidence scores. To build the graphical model, a list of potentially present taxa needs to be inferred. To this end, we integrate Unipept, which enables the fast querying of potentially present taxa. Together, they allow for taxonomic inference with statistically sound confidence scores.
Autor*innen: | Tanja Holstein |
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Koautor*innen: | P. Verschaffelt, Franziska Kistner, L. Martens, Thilo MuthORCiD |
Dokumenttyp: | Posterpräsentation |
Veröffentlichungsform: | Präsentation |
Sprache: | Englisch |
Jahr der Erstveröffentlichung: | 2022 |
Organisationseinheit der BAM: | VP Vizepräsident |
VP Vizepräsident / VP.1 eScience | |
DDC-Klassifikation: | Naturwissenschaften und Mathematik / Chemie / Analytische Chemie |
Freie Schlagwörter: | Bioinformatics; Mass spectrometry; Microbiomes; Taxonomic analysis |
Themenfelder/Aktivitätsfelder der BAM: | Chemie und Prozesstechnik |
Veranstaltung: | HUPO 2022 world congress |
Veranstaltungsort: | Cancun, Mexico |
Beginndatum der Veranstaltung: | 04.12.2022 |
Enddatum der Veranstaltung: | 08.12.2022 |
Verfügbarkeit des Dokuments: | Datei im Netzwerk der BAM verfügbar ("Closed Access") |
Datum der Freischaltung: | 02.01.2023 |
Referierte Publikation: | Nein |