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Probability based taxonomic profiling of viral and microbiome samples using PepGM and Unipept

  • In mass spectrometry based proteomics, protein homology leads to many shared peptides within and between species. This complicates taxonomic inference in samples of unknown taxonomic origin. PepGM uses a graphical model for taxonomic profiling of viral proteomes and metaproteomic datasets providing taxonomic confidence scores. To build the graphical model, a list of potentially present taxa needs to be inferred. To this end, we integrate Unipept, which enables the fast querying of potentially present taxa. Together, they allow for taxonomic inference with statistically sound confidence scores.

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Autor*innen:Tanja Holstein
Koautor*innen:P. Verschaffelt, Franziska Kistner, L. Martens, Thilo MuthORCiD
Dokumenttyp:Posterpräsentation
Veröffentlichungsform:Präsentation
Sprache:Englisch
Jahr der Erstveröffentlichung:2022
Organisationseinheit der BAM:VP Vizepräsident
VP Vizepräsident / VP.1 eScience
DDC-Klassifikation:Naturwissenschaften und Mathematik / Chemie / Analytische Chemie
Freie Schlagwörter:Bioinformatics; Mass spectrometry; Microbiomes; Taxonomic analysis
Themenfelder/Aktivitätsfelder der BAM:Chemie und Prozesstechnik
Veranstaltung:HUPO 2022 world congress
Veranstaltungsort:Cancun, Mexico
Beginndatum der Veranstaltung:04.12.2022
Enddatum der Veranstaltung:08.12.2022
Verfügbarkeit des Dokuments:Datei im Netzwerk der BAM verfügbar ("Closed Access")
Datum der Freischaltung:02.01.2023
Referierte Publikation:Nein
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