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Zitieren Sie bitte immer diesen URN: urn:nbn:de:kobv:b43-541220

Critical Assessment of MetaProteome Investigation (CAMPI): A multi-laboratory comparison of established workflows

  • Metaproteomics has matured into a powerful tool to assess functional interactions in microbial communities. While many metaproteomic workflows are available, the impact of method choice on results remains unclear. Here, we carry out a community-driven, multi-laboratory comparison in metaproteomics: the critical assessment of metaproteome investigation study (CAMPI). Based on well-established workflows, we evaluate the effect of sample preparation, mass spectrometry, and bioinformatic analysis using two samples: a simplified, laboratory-assembled human intestinal model and a human fecal sample. We observe that variability at the peptide level is predominantly due to sample processing workflows, with a smaller contribution of bioinformatic pipelines. These peptide-level differences largely disappear at the protein group level. While differences are observed for predicted community composition, similar functional profiles are obtained across workflows. CAMPI demonstrates the robustness ofMetaproteomics has matured into a powerful tool to assess functional interactions in microbial communities. While many metaproteomic workflows are available, the impact of method choice on results remains unclear. Here, we carry out a community-driven, multi-laboratory comparison in metaproteomics: the critical assessment of metaproteome investigation study (CAMPI). Based on well-established workflows, we evaluate the effect of sample preparation, mass spectrometry, and bioinformatic analysis using two samples: a simplified, laboratory-assembled human intestinal model and a human fecal sample. We observe that variability at the peptide level is predominantly due to sample processing workflows, with a smaller contribution of bioinformatic pipelines. These peptide-level differences largely disappear at the protein group level. While differences are observed for predicted community composition, similar functional profiles are obtained across workflows. CAMPI demonstrates the robustness of present-day metaproteomics research, serves as a template for multi-laboratory studies in metaproteomics, and provides publicly available data sets for benchmarking future developments.zeige mehrzeige weniger

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Autor*innen:T. Van Den Bossche, B. Kunath, K. Schallert, S. Schäpe, P. E. Abraham, J. Armengaud, M. Ø. Arntzen, A. Bassignani, D. Benndorf, S. Fuchs, R. J. Giannone, T. J. Griffin, L. H. Hagen, R. Halder, C. Henry, R. L. Hettich, R. Heyer, P. Jagtap, N. Jehmlich, M. Jensen, C. Juste, M. Kleiner, O. Langella, T. Lehmann, E. Leith, P. May, B. Mesuere, G. Miotello, S. L. Peters, O. Pible, P. T. Queiros, U. Reichl, B. Y. Renard, H. Schiebenhoefer, A. Sczyrba, A. Tanca, K. Trappe, J.-P. Trezzi, S. Uzzau, P. Verschaffelt, M. von Bergen, P. Wilmes, M. Wolf, L. Martens, Thilo MuthORCiD
Dokumenttyp:Zeitschriftenartikel
Veröffentlichungsform:Verlagsliteratur
Sprache:Englisch
Titel des übergeordneten Werkes (Englisch):Nature communications
Jahr der Erstveröffentlichung:2021
Organisationseinheit der BAM:VP Vizepräsident
VP Vizepräsident / VP.1 eScience
Veröffentlichende Institution:Bundesanstalt für Materialforschung und -prüfung (BAM)
Verlag:Nature Publishing Group
Verlagsort:London
Jahrgang/Band:12
Aufsatznummer:7305
Erste Seite:1
Letzte Seite:15
DDC-Klassifikation:Naturwissenschaften und Mathematik / Chemie / Analytische Chemie
Freie Schlagwörter:Benchmarking; Bioinformatics; Data science; Mass spectrometry; Metaproteomics
Themenfelder/Aktivitätsfelder der BAM:Chemie und Prozesstechnik
DOI:10.1038/s41467-021-27542-8
URN:urn:nbn:de:kobv:b43-541220
ISSN:2041-1723
Zugehöriger Identifikator:https://opus4.kobv.de/opus4-bam/frontdoor/index/index/docId/58087
Verfügbarkeit des Dokuments:Datei für die Öffentlichkeit verfügbar ("Open Access")
Lizenz (Deutsch):License LogoCreative Commons - CC BY - Namensnennung 4.0 International
Datum der Freischaltung:22.12.2021
Referierte Publikation:Ja
Datum der Eintragung als referierte Publikation:22.12.2021
Schriftenreihen ohne Nummerierung:Wissenschaftliche Artikel der BAM
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