Connecting MetaProteomeAnalyzer and PeptideShaker to Unipept for Seamless End-to-End Metaproteomics Data Analysis

  • Although metaproteomics, the study of the collective proteome of microbial communities, has become increasingly powerful and popular over the past few years, the field has lagged behind on the availability of user-friendly, end-to-end pipelines for data analysis. We therefore describe the Connection from two commonly used metaproteomics data processing tools in the field, MetaProteomeAnalyzer and PeptideShaker, to Unipept for downstream analysis. Through these connections, direct end-to-end pipelines are built from database searching to taxonomic and functional annotation.

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Autor*innen:T. Van den Bossche, P. Verschaffelt, K. Schallert, H. Barsnes, P. Dawyndt, D. Benndorf, B. Y. Renard, B. Mesuere, L. Martens, Thilo MuthORCiD
Dokumenttyp:Zeitschriftenartikel
Veröffentlichungsform:Verlagsliteratur
Sprache:Englisch
Titel des übergeordneten Werkes (Englisch):Journal of Proteome Research
Jahr der Erstveröffentlichung:2020
Organisationseinheit der BAM:VP Vizepräsident
VP Vizepräsident / VP.1 eScience
Verlag:ACS Publications
Jahrgang/Band:19
Ausgabe/Heft:8
Erste Seite:3562
Letzte Seite:3566
DDC-Klassifikation:Naturwissenschaften und Mathematik / Chemie / Analytische Chemie
Freie Schlagwörter:Bioinformatics; Metaproteomics; Pipelines; Software
Themenfelder/Aktivitätsfelder der BAM:Chemie und Prozesstechnik
DOI:10.1021/acs.jproteome.0c00136
Verfügbarkeit des Dokuments:Datei im Netzwerk der BAM verfügbar ("Closed Access")
Datum der Freischaltung:30.09.2020
Referierte Publikation:Ja
Datum der Eintragung als referierte Publikation:30.09.2020
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