TY - GEN A1 - Shinano, Yuji A1 - Achterberg, Tobias A1 - Berthold, Timo A1 - Heinz, Stefan A1 - Koch, Thorsten A1 - Winkler, Michael T1 - Solving Open MIP Instances with ParaSCIP on Supercomputers using up to 80,000 Cores N2 - This paper describes how we solved 12 previously unsolved mixed-integer program- ming (MIP) instances from the MIPLIB benchmark sets. To achieve these results we used an enhanced version of ParaSCIP, setting a new record for the largest scale MIP computation: up to 80,000 cores in parallel on the Titan supercomputer. In this paper we describe the basic parallelization mechanism of ParaSCIP, improvements of the dynamic load balancing and novel techniques to exploit the power of parallelization for MIP solving. We give a detailed overview of computing times and statistics for solving open MIPLIB instances. T3 - ZIB-Report - 15-53 KW - Mixed Integer Programming KW - Parallel processing KW - Node merging KW - Racing ParaSCIP KW - Ubiquity Generator Framework KW - MIPLIB Y1 - 2015 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:0297-zib-56404 SN - 1438-0064 ER - TY - CHAP A1 - Bley, Andreas A1 - Gleixner, Ambros A1 - Koch, Thorsten A1 - Vigerske, Stefan T1 - Comparing MIQCP Solvers to a Specialised Algorithm for Mine Production Scheduling T2 - Modeling, Simulation and Optimization of Complex Processes. Proceedings of the Fourth International Conference on High Performance Scientific Computing, March 2-6, 2009, Hanoi, Vietnam N2 - In this paper we investigate the performance of several out-of-the box solvers for mixed-integer quadratically constrained programmes (MIQCPs) on an open pit mine production scheduling problem with mixing constraints. We compare the solvers BARON, Couenne, SBB, and SCIP to a problem-specific algorithm on two different MIQCP formulations. The computational results presented show that general-purpose solvers with no particular knowledge of problem structure are able to nearly match the performance of a hand-crafted algorithm. Y1 - 2012 U6 - https://doi.org/10.1007/978-3-642-25707-0_3 SP - 25 EP - 39 ER - TY - GEN A1 - Bley, Andreas A1 - Gleixner, Ambros A1 - Koch, Thorsten A1 - Vigerske, Stefan T1 - Comparing MIQCP solvers to a specialised algorithm for mine production scheduling N2 - In this paper we investigate the performance of several out-of-the box solvers for mixed-integer quadratically constrained programmes (MIQCPs) on an open pit mine production scheduling problem with mixing constraints. We compare the solvers BARON, Couenne, SBB, and SCIP to a problem-specific algorithm on two different MIQCP formulations. The computational results presented show that general-purpose solvers with no particular knowledge of problem structure are able to nearly match the performance of a hand-crafted algorithm. T3 - ZIB-Report - 09-32 Y1 - 2009 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:0297-zib-11507 SN - 1438-0064 ER - TY - GEN A1 - Shinano, Yuji A1 - Achterberg, Tobias A1 - Berthold, Timo A1 - Heinz, Stefan A1 - Koch, Thorsten A1 - Winkler, Michael T1 - Solving Previously Unsolved MIP Instances with ParaSCIP on Supercomputers by using up to 80,000 Cores N2 - Mixed-integer programming (MIP) problem is arguably among the hardest classes of optimization problems. This paper describes how we solved 21 previously unsolved MIP instances from the MIPLIB benchmark sets. To achieve these results we used an enhanced version of ParaSCIP, setting a new record for the largest scale MIP computation: up to 80,000 cores in parallel on the Titan supercomputer. In this paper, we describe the basic parallelization mechanism of ParaSCIP, improvements of the dynamic load balancing and novel techniques to exploit the power of parallelization for MIP solving. We give a detailed overview of computing times and statistics for solving open MIPLIB instances. T3 - ZIB-Report - 20-16 KW - Mixed Integer Programming, Parallel processing, Node merging, Racing, ParaSCIP, Ubiquity Generator Framework, MIPLIB Y1 - 2020 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:0297-zib-78393 SN - 1438-0064 ER - TY - GEN A1 - Charousset-Brignol, Sandrine A1 - van Ackooij, Wim A1 - Oudjane, Nadia A1 - Daniel, Dominique A1 - Noceir, Slimane A1 - Haus, Utz-Uwe A1 - Lazzaro, Alfio A1 - Frangioni, Antonio A1 - Lobato, Rafael A1 - Ghezelsoflu, Ali A1 - Iardella, Niccolò A1 - Galli, Laura A1 - Gorgone, Enrico A1 - dell’Amico, Mauro A1 - Giannelos, Spyros A1 - Moreira, Alex A1 - Strbac, Goran A1 - Borozan, Stefan A1 - Falugi, Paula A1 - Pudjianto, Danny A1 - Wyrwoll, Lothar A1 - Schmitt, Carlo A1 - Franken, Marco A1 - Beulertz, Daniel A1 - Schwaeppe, Henrik A1 - Most, Dieter A1 - Yüksel-Ergün, Inci A1 - Zittel, Janina A1 - Koch, Thorsten T1 - Synergistic approach of multi-energy models for a European optimal energy system management tool T2 - The Project Repository Journal Y1 - 2021 VL - 9 SP - 113 EP - 116 ER - TY - GEN A1 - Koch, Thorsten A1 - Martin, Alexander A1 - Voß, Stefan T1 - SteinLib: An Updated Library on Steiner Tree Problems in Graphs N2 - In this paper we present the {\em SteinLib}, a library of data sets for the Steiner tree problem in graphs. This library extends former libraries on Steiner tree problems by many new interesting and difficult instances, most of them arising from real-world applications. We give a survey on the difficulty of these problem instances by giving references to state-of-the-art software packages that were the first or are currently among the best to solve these instances. T3 - ZIB-Report - 00-37 KW - Steiner Trees KW - Mathematical Programming Testdata Library Y1 - 2000 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:0297-zib-6056 ER - TY - CHAP A1 - Koch, Stefan A1 - Wiebel, Alexander A1 - Kasten, Jens A1 - Hlawitschka, Mario T1 - Visualizing Linear Neighborhoods in Non-Linear Vector Fields T2 - Proceedings of the IEEE Pacific Visualization Symposium Y1 - 2013 SP - 249 EP - 256 CY - Sydney, Australia ER - TY - JOUR A1 - May, Patrick A1 - Barthel, Stefan A1 - Koch, Ina T1 - PTGL - a web-based database application for protein topologies JF - Bioinformatics Y1 - 2004 U6 - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bth367 VL - 20 IS - 17 SP - 3277 EP - 3279 ER - TY - GEN A1 - Wiebel, Alexander A1 - Koch, Stefan A1 - Scheuermann, Gerik ED - Peikert, Ronald ED - Hauser, Helwig ED - Carr, Hamish ED - Fuchs, Raphael T1 - Glyphs for Non-Linear Vector Field Singularities T2 - Topological Methods in Data Analysis and Visualization II Y1 - 2011 SP - 177 EP - 190 PB - Springer CY - Berlin ER - TY - JOUR A1 - Andrae, Karsten A1 - Merkel, Stefan A1 - Durmaz, Vedat A1 - Fackeldey, Konstantin A1 - Köppen, Robert A1 - Weber, Marcus A1 - Koch, Matthias T1 - Investigation of the Ergopeptide Epimerization Process JF - Computation N2 - Ergopeptides, like ergocornine and a-ergocryptine, exist in an S- and in an R-configuration. Kinetic experiments imply that certain configurations are preferred depending on the solvent. The experimental methods are explained in this article. Furthermore, computational methods are used to understand this configurational preference. Standard quantum chemical methods can predict the favored configurations by using minimum energy calculations on the potential energy landscape. However, the explicit role of the solvent is not revealed by this type of methods. In order to better understand its influence, classical mechanical molecular simulations are applied. It appears from our research that “folding” the ergopeptide molecules into an intermediate state (between the S- and the R-configuration) is mechanically hindered for the preferred configurations. Y1 - 2014 U6 - https://doi.org/10.3390/computation2030102 VL - 2 IS - 3 SP - 102 EP - 111 ER - TY - GEN A1 - Rusch, Beate A1 - Peters-Kottig, Wolfgang A1 - Boltze, Julia A1 - Brandtner, Andreas A1 - Degkwitz, Andreas A1 - Kirsch, Simona A1 - Koch, Thorsten A1 - Lohrum, Stefan A1 - Müller, Anja A1 - Mutter, Moritz A1 - Seeliger, Frank A1 - Stanek, Ursula T1 - KOBV Jahresbericht 2019-2020 N2 - Der aktuelle KOBV-Jahresbericht informiert darüber, was in den Mitgliedsbibliotheken und Partnerprojekten in den letzten beiden Jahren passiert ist und was sich in der Verbundzentrale und in der Bibliothekslandschaft ändert. Die Ausgabe 2019/2020 enthält den Schwerpunktteil »Digitalisierung« mit verschiedenen Perspektiven auf die digitale Arbeitswelt. T3 - KOBV-Jahresbericht - 2019-2020 Y1 - 2021 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:0297-zib-82474 SN - 1438-0064 CY - Berlin ER - TY - GEN A1 - Bertelmann, Roland A1 - Koch, Thorsten A1 - Ceynowa, Klaus A1 - Söllner, Konstanze A1 - Christof, Jürgen A1 - Rusch, Beate A1 - Schäffler, Hildegard A1 - Putnings, Markus A1 - Pampel, Heinz A1 - Kuberek, Monika A1 - Boltze, Julia A1 - Lohrum, Stefan A1 - Retter, Regina A1 - Höllerl, Annika A1 - Faensen, Katja A1 - Steffen, Ronald A1 - Gross, Matthias A1 - Hoffmann, Cornelia A1 - Haoua, Marsa T1 - DeepGreen: Etablierung und Weiterentwicklung rechtssicherer Workflows zur effizienten Umsetzung von Open-Access-Komponenten in Lizenzvereinbarungen für wissenschaftliche Publikationen – Abschlussbericht N2 - DeepGreen wurde vom 01.08.2018 bis zum 30.06.2021 in einer zweiten Projektphase von der Deutschen Forschungsgemeinschaft (DFG) gefördert. DeepGreen unterstützt Bibliotheken als Dienstleister für Hochschulen, außeruniversitäre Forschungseinrichtungen und die dort tätigen Wissenschaftler:innen dabei, Publikationen auf Open-Access-Repositorien frei zugänglich zu machen und fördert das Zusammenspiel von wissenschaftlichen Einrichtungen und Verlagen. An der zweiten Projektphase waren der Kooperative Bibliotheksverbund Berlin-Brandenburg, die Bayerische Staatsbibliothek, der Bibliotheksverbund Bayern, die Universitätsbibliotheken der Friedrich-Alexander-Universität Erlangen-Nürnberg und der Technischen Universität Berlin und das Helmholtz Open Science Office beteiligt. In dem Projekt wurde erfolgreich eine technische und organisatorische Lösung zur automatisierten Verteilung von Artikeldaten wissenschaftlicher Verlage an institutionelle und fachliche Repositorien entwickelt. In der zweiten Projektphase lag der Fokus auf der Erprobung der Datendrehscheibe in der Praxis und der Ausweitung auf weitere Datenabnehmer und weitere Verlage. Im Anschluss an die DFG-geförderte Projektlaufzeit ist DeepGreen in einen zweijährigen Pilotbetrieb übergegangen. Ziel des Pilotbetriebs ist es, den Übergang in einen bundesweiten Real-Betrieb vorzubereiten. T3 - ZIB-Report - 21-37 KW - Open Access KW - Repositorien KW - DeepGreen Y1 - 2022 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:0297-zib-85420 SN - 1438-0064 ER - TY - GEN A1 - Bertelmann, Roland A1 - Boltze, Julia A1 - Ceynowa, Klaus A1 - Christof, Jürgen A1 - Faensen, Katja A1 - Groß, Matthias A1 - Hoffmann, Cornelia A1 - Koch, Thorsten A1 - Kuberek, Monika A1 - Lohrum, Stefan A1 - Pampel, Heinz A1 - Putnings, Markus A1 - Retter, Regina A1 - Rusch, Beate A1 - Schäffler, Hildegard A1 - Söllner, Konstanze A1 - Steffen, Ronald A1 - Wannick, Eike T1 - DeepGreen: Open-Access-Transformation in der Informationsinfrastruktur – Anforderungen und Empfehlungen, Version 1.0 N2 - DeepGreen ist ein Service, der es teilnehmenden institutionellen Open-Access-Repositorien,Open-Access-Fachrepositorien und Forschungsinformationssystemen erleichtert, für sie relevante Verlagspublikationen in zyklischer Abfolge mithilfe von Schnittstellen Open Access zur Verfügung zu stellen. Die entsprechende Bandbreite an Relationen zwischen den Akteuren, diverse lizenzrechtliche Rahmenbedingungen sowie technische Anforderungen gestalten das Thema komplex. Ziel dieser Handreichung ist es, neben all diesen Themen, die begleitend beleuchtet werden, im Besonderen Empfehlungen für die reibungslose Nutzung der Datenübertragung zu liefern. Außerdem werden mithilfe einer vorangestellten Workflow- Evaluierung Unterschiede und Besonderheiten in den Arbeitsschritten bei institutionellen Open-Access-Repositorien und Open-Access-Fachrepositorien aufgezeigt und ebenfalls mit Empfehlungen angereichert. T3 - ZIB-Report - 21-03 KW - Open Access KW - Zweitveröffentlichung KW - Bibliotheken KW - Verlage Y1 - 2021 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:0297-zib-81503 SN - 1438-0064 ER -