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Detektion des Kartoffelspindelknollen Viroids mit Hilfe der Loop Mediated Isothermal Amplification
(2011)
PSTV ist ein hoch infektiöses Viroid, das in Kartoffeln verkleinerte und spindelähnliche Knollen verursacht. Um Ernteverlusten vorzubeugen, ist eine Detektion in frühen Infektionsstadien von großer Bedeutung. Aufgrund ihrer hohen Sensitivität und Spezifität wird die PCR als Standardnachweisverfahren für PSTV verwendet. Nachteilig an dieser Methode sind der apparative Aufwand und die zeitaufwändige Durchführung. Als viel versprechende Alternative konnte der Nachweis von PSTV mit Hilfe der Reverse Transcription Loop Mediated Isothermal Amplification (RT-LAMP) gezeigt werden. Hierbei handelt es sich um eine einfache und schnelle Methode, für die wenig aufwändige Laborausrüstung benötigt wird. Dabei ermöglichte eine an den Amplifikationsprozess gekoppelte Fluoreszenzreaktion die Detektion von Produkten direkt nach der Nachweisreaktion mit dem bloßen Auge (bzw. unter UV-Licht). Die Ergebnisse konnten mit Hilfe einer Real Time Detektion des auftretenden Fluoreszenzsignals bestätigt werden.
G-Quadruplex (G-4) structures are formed when G-rich DNA sequences fold into intra- or intermolecular four-stranded structures in the presence of metal ions. G-4-hemin complexes are often effective peroxidase-mimicking DNAzymes that are applied in many detection systems. This work reports the application of a G-rich daunomycin-specific aptamer for the development of an antibody-antigen detection assay. We investigated the ability of the daunomycin aptamer to efficiently catalyze the hemin-dependent peroxidase activity independent of daunomycin. A reporter probe consisting of biotinylated antigen and daunomycin aptamer coupled to streptavidin gold nanoparticles was successfully used to generate a colorimetric readout. In conclusion, the daunomycin aptamer can function as a robust alternative DNAzyme for the development of colorimetric assays.