Reannotation des Maize oligonucleotide arrays

  • Die Microarray-Technologie hat sich zu einem etablierten Ansatz der Hochdurchsatz-Genexpressionsanalyse entwickelt. Das „maize oligonucleotide array“ (maizearray) ist eine der wenigen Microarray-Plattformen, welche für die genomweite Genexpressionsanalyse von Mais (Zea mays L.) erzeugt wurden. Die Sonden wurden basierend auf ESTs (expressed sequence tags) generiert. Mittlerweile ist die Genomsequenz von Mais verfügbar und ermöglicht eine genauere Annotation dieser Sonden. In dieser Arbeit wurden die Genompositionen aller Sonden und basierend darauf die zugrunde liegenden Gene sowie deren funktionelle Annotation bestimmt. Durch die Analyse konnten Redundanzen und nicht eindeutig bindende Sonden aufgedeckt und gleichzeitig die Zahl der Gene mit funktioneller Annotation verdoppelt werden. Unsere Reannotation wird funktionelle Analysen bereits existierender und zukünftiger Datensätze stark verbessern.

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Metadaten
Author:Felix Seifert, Heike Pospisil
URN:urn:nbn:de:kobv:526-opus4-3315
DOI:https://doi.org/10.15771/0949-8214_2014_1_4
ISSN:0949-8214
Parent Title (German):Wissenschaftliche Beiträge 2014
Document Type:Article in a Periodical of the TH Wildau
Language:German
Year of Publication:2014
Date of first Publication:2014/10/16
Publishing Institution:Technische Hochschule Wildau
Release Date:2014/10/16
Volume:18
First Page:33
Last Page:35
Faculties an central facilities:Fachbereich Ingenieur- und Naturwissenschaften
Dewey Decimal Classification:5 Naturwissenschaften und Mathematik / 57 Biowissenschaften; Biologie / 572 Biochemie
TH Wildau publications:Wissenschaftliche Beiträge
Licence (German):Creative Commons - CC BY-NC-ND 3.0 DE - Namensnennung - Nicht-kommerziell - Keine Bearbeitung 3.0 Deutschland
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