TY - JOUR A1 - Hoogland, A. Marije A1 - Böttcher, René A1 - Verhoef, Esther A1 - Jenster, Guido A1 - van Leenders, Geert J.L.H. T1 - Gene-expression analysis of gleason grade 3 tumor glands embedded in low- and high-risk prostate cancer JF - Oncotarget N2 - The Gleason score (GS) of prostate cancer on diagnostic biopsies is an important parameter for therapeutic decision-making. Biopsy GS under-estimates the actual GS at radical prostatectomy in a significant number of patients due to samplingartifact. The aim of this study was to identify markers that are differentially expressed in Gleason grade 3 (GG3) tumor glands embedded in GS 4 + 3 = 7 and GS 3 + 3 = 6 prostate cancer using laser capture microdissection and RNA sequencing. GG3 tumor glands embedded in nine GS 3 + 3 = 6 and nine GS 4 + 3 = 7 prostate cancers were isolated by laser capture microdissection of frozen radical prostatectomy specimens. After RNA amplification and RNA sequencing, differentially expressed genes in both GG3 components were identified by a 2log fold change > 1.0 and p-value < 0.05. We applied immunohistochemistry on a tissue micro-array representing 481 radical prostatectomy samples for further validation on protein level. A total of 501 genes were up-regulated and 421 down-regulated in GG3 glands embedded in GS 4 + 3 = 7 as compared to GS 3 + 3 = 6 prostate cancer. We selected HELLS, ZIC2 and ZIC5 genes for further validation. ZIC5 mRNA was up-regulated 17 fold (p = 8.4E–07), ZIC2 8 fold (p = 1.3E–05) and HELLS 2 fold (p = 0.006) in GG3 glands derived from GS 4 + 3 = 7. HELLS expression of ≥ 1% occurred in 10% GS < 7, 17% GS 7 and 43% GS >7 prostate cancer (p < 0.001). Using a cut-off of ≥ 1%, protein expression of ZIC5 was present in 28% GS < 7, 43% GS 7 and 57% GS > 7 cancer (p < 0.001). ZIC2 was neither associated with GS nor outcome in our validation set. HELLS was independently predictive for biochemical-recurrence after radical prostatectomy (HR 2.3; CI 1.5–3.6; p < 0.01). In conclusion, HELLS and ZIC5 might be promising candidate markers for selection of biopsy GS 6 prostate cancer being at risk for up-grading at prostatectomy. KW - prostate cancer KW - RNA sequencing KW - laser capture microdissection KW - immunohistochemistry Y1 - 2016 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:526-opus4-6573 SN - 1949-2553 VL - 7 IS - 25 SP - 37846 EP - 37856 ER - TY - GEN A1 - Gossing, Wilhelm A1 - Radke, Lars A1 - Frohme, Marcus A1 - Biering, Henrik T1 - ECS-Komplex – ein neuer Biomarker bei Wachstumshormonstörungen? T2 - Wissenschaftliche Beiträge 2016 N2 - Störungen im Metabolismus des Wachstumshormons können sich als Wachstumshormonmangel oder -überschuss (Akromegalie) äußern. In beiden Fällen handelt es sich um seltene Krankheiten, die aufwendig behandelt werden müssen, da jeder Patient anders auf seine jeweilige Medikation anspricht. Zur Bestimmung des individuellen Ansprechverhaltens auf die medikamentöse Behandlung wird Insulin-like Growth Factor 1 verwendet, das jedoch als unzuverlässig für die Therapiekontrolle gilt. Um die Diagnostik und Therapie von Wachstumshormonstörungen zu verbessern, wurde in dieser Pilotstudie der Nutzen des neuen potenziellen Biomarkers Elongin B/C-Cullin5-Socs-box Komplex (ECS-Komplex) überprüft. Die fünf Proteine des Komplexes üben zusammen einen negativen Feedback-Mechanismus auf den Wachstumshormonrezeptor aus und regulieren ihn in Abhängigkeit vom Wachstumshormonspiegel im Blut. Für diese Pilotstudie wurden vier Patienten mit Wachstumshormondefizienz und 15 Patienten mit Akromegalie rekrutiert. Die Messung von Unterschieden in der Expression der Gene auf RNA-Ebene in Blutproben der Patienten erlaubt erste Aussagen über deren Eignung als therapeutische Marker für diese Krankheiten. N2 - Growth hormone (GH) dysfunctions can occur as a GH-deficiency (GHD) or an overproduction of GH, leading to acromegaly. Both are rare diseases, which have to be treated for many years before the correct individual dosage is found and a mitigation of symptoms can be achieved. Current medical therapy is determined by the levels of the insulin-like growth factor-1, which is considered to be an unreliable theranostic tool. In order to improve the diagnosis and therapy of patients with GH-dysfunctions, we investigated the benefits of the novel potential biomarker Elongin B/C-Cullin5-Socs-box complex (ECS-complex). Together, these proteins regulate the growth hormone receptor levels according to the blood GH concentration through a negative feedback loop. For this study, we were able to recruit four patients with a GHD and 15 patients with acromegaly. The detected differential expression of the ECS-complex in patients with growth hormone dysfunctions allows for first conclusions about the potential of those proteins as predictive biomarker molecules for individualized therapies. Y1 - 2016 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:526-opus4-5308 SN - 0949-8214 VL - 20 SP - 23 EP - 29 ER - TY - GEN A1 - Bortz, Birgit A1 - Marczok, Stefanie A1 - Pospisil, Heike T1 - Genomweite Identifizierung von chromosomalen Bruchpunkten bei Tumoren unterschiedlicher Gewebe T2 - Wissenschaftliche Beiträge 2016 N2 - Aufgrund der jährlich ansteigenden Anzahl an Krebsneuerkrankungen und der tödlichen Verläufe von malignen Tumoren gewinnt die vollständige Aufklärung der Tumorgenese und -progression immer mehr an Bedeutung. Für diese können Untersuchungen zu Bruchpunkten, die eine Kopienzahlvariation (CNV) in Krebsgenomen bewirken, genutzt werden. Es wurde eine Pipeline entwickelt, die in der Lage ist, CNVs, Bruchpunktregionen (BPRs) und Gene genomweit mit Hilfe von SNP-Array-Daten zu detektieren. Dazu wurden 2.820 Tumorproben aus 8 Tumorentitäten untersucht und mit 432 Proben aus gesundem Gewebe verglichen. In den Tumorproben wurden vierfach mehr BPRs detektiert, wobei unter 5 % der Gene in den Normalproben betroffen sind. Wir identifizierten 31 hochspezifische BPRs. Die am häufigsten vorkommende Variation umschließt das Gen KIAA0513, welches in Verbindung mit der Apoptose steht. Anhand der hier entwickelten Pipeline können erste Einblicke in CNV- und Bruchpunkt-Muster in Tumorgenomen gewonnen werden, die zu einem verbesserten Verständnis der Tumorgenese und somit zu einer verbesserten Diagnostik und Therapie von Krebserkrankungen führen können. N2 - The number of new cancer cases and the deadly courses of malignant tumors are still rising. An entire clarification of tumorigenesis and progression is required for better diagnostics and therapies. Here, we present an analysis of genomic breakpoint patterns, which might cause copy number variations (CNVs) in cancer genomes. Thus, a pipeline was developed which uses SNP array data for the genome-wide detection of CNVs, breakpoint regions (BPRs) and genes. 2,820 tumor samples from eight tumor entities were analyzed and compared with 432 samples from healthy tissue. Four times more BPRs were detected in the tumor samples and only less than 5 % of the affected genes were found to be involved in healthy tissues. We identified 31 highly specific BPRs. The most commonly occurring variation found in our study encloses the KIAA0513 gene, which is associated with apoptosis. Based on these results, new insights in tumorigenesis are expected. Y1 - 2016 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:526-opus4-5286 SN - 0949-8214 VL - 20 SP - 7 EP - 14 ER -