TY - JOUR A1 - Standfuß, Christoph A1 - Pospisil, Heike A1 - Klein, Andreas T1 - SNP microarray analyses reveal copy number alterations and progressive genome reorganization during tumor development in SVT/t driven mice breast cancer JF - BMC Cancer N2 - Tumor development is known to be a stepwise process involving dynamic changes that affect cellular integrity and cellular behavior. This complex interaction between genomic organization and gene, as well as protein expression is not yet fully understood. Tumor characterization by gene expression analyses is not sufficient, since expression levels are only available as a snapshot of the cell status. So far, research has mainly focused on gene expression profiling or alterations in oncogenes, even though DNA microarray platforms would allow for high-throughput analyses of copy number alterations (CNAs). KW - breast cancer KW - genome reorganization KW - copy number alteration KW - CNV KW - fragile sites Y1 - 2012 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:526-opus4-6414 SN - 1471-2407 VL - 12 IS - 380 ER - TY - GEN A1 - Wachholz, Linda A1 - Basilowski, Nico A1 - Standfuß, Christoph A1 - Pospisil, Heike T1 - Der Nacktmull als ein Modellorganismus für Krebsresistenz - Bioinformatische Analysen T2 - Wissenschaftliche Beiträge 2013 N2 - Bei Nacktmullen wurde bisher Tumorentstehung nicht beobachtet. Zur Untersuchung der molekularen Ursachen dient der Nacktmull daher als ein wertvoller Modellorganismus für Krebsresistenz. Ziel dieser Arbeit war eine weiterführende Analyse des kürzlich publizierten Genoms des Nacktmulls. Eine Genvorhersage konnte auf Grundlage der vorhandenden Genom- und Transkriptomdaten durchgeführt und ein hypothetisches Netzwerk der Interaktionen der tumorinduzierenden Faktoren erstellt werden. Dieses Netzwerk basiert auf den Tumorsuppressor-Regulationswegen p53 und RB im Menschen. Die Genom- und Transkriptom-Daten des Nacktmulls weisen deutliche Unterschiede zu den Befunden im Menschen auf. Dieser Befund könnte ein erster Anhaltspunkt für die Aufklärung der molekularen Ursachen der Krebsresistenz von Nacktmullen sein. Y1 - 2013 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:526-opus4-3115 SN - 0949-8214 VL - 17 SP - 23 EP - 26 ER - TY - GEN A1 - Standfuß, Christoph A1 - Klein, Andreas A1 - Pospisil, Heike T1 - Einfluss von Kopienzahlvariationen auf die Tumorentwicklung T2 - Wissenschaftliche Beiträge 2013 N2 - Tumorentstehung ist ein Prozess, bei dem die Abläufe innerhalb der Zelle schrittweise verändert werden. Die vielfältigen Interaktionen bei der Tumorentstehung sind jedoch bislang nicht vollständig erforscht. Bisher wurden vorwiegend Genexpressionsanalysen genutzt, die jedoch nur eine Zeitaufnahme aller Genexpressionen innerhalb der Zelle darstellen und somit allein nicht ausreichend zur Charakterisierung eines Tumors. Wir haben mithilfe von Affymetrix Mouse Diversity Genotyping Microarrays Mausbrustdrüsengewebe entsprechend unserem Dreistufen-Mausmodell analysiert und die Kopienzahländerungen berechnet. Wir fanden eine zunehmende stufenweise Änderung von den transgenen zu den Tumorproben. Die Berechnung von chromosomalen Segmenten mit gleicher Kopienzahl zeigte deutliche Fragmentmuster. Unsere Analysen zeigen, dass die Tumorentstehung ein schrittweiser Prozess ist, der sowohl durch Amplifikationen als auch Deletionen chromosomaler Abschnitte definiert ist. Wir fanden charakteristisch konservierte Fragmentierungsmuster und individuelle Unterschiede welche zur Tumorgenese beitragen. Y1 - 2013 U6 - http://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:kobv:526-opus4-3435 SN - 0949-8214 VL - 17 SP - 27 EP - 30 ER -