@article{HooglandBoettcherVerhoefetal.2016, author = {Hoogland, A. Marije and B{\"o}ttcher, Ren{\´e} and Verhoef, Esther and Jenster, Guido and van Leenders, Geert J.L.H.}, title = {Gene-expression analysis of gleason grade 3 tumor glands embedded in low- and high-risk prostate cancer}, series = {Oncotarget}, volume = {7}, journal = {Oncotarget}, number = {25}, issn = {1949-2553}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:526-opus4-6573}, pages = {37846 -- 37856}, year = {2016}, abstract = {The Gleason score (GS) of prostate cancer on diagnostic biopsies is an important parameter for therapeutic decision-making. Biopsy GS under-estimates the actual GS at radical prostatectomy in a significant number of patients due to samplingartifact. The aim of this study was to identify markers that are differentially expressed in Gleason grade 3 (GG3) tumor glands embedded in GS 4 + 3 = 7 and GS 3 + 3 = 6 prostate cancer using laser capture microdissection and RNA sequencing. GG3 tumor glands embedded in nine GS 3 + 3 = 6 and nine GS 4 + 3 = 7 prostate cancers were isolated by laser capture microdissection of frozen radical prostatectomy specimens. After RNA amplification and RNA sequencing, differentially expressed genes in both GG3 components were identified by a 2log fold change > 1.0 and p-value < 0.05. We applied immunohistochemistry on a tissue micro-array representing 481 radical prostatectomy samples for further validation on protein level. A total of 501 genes were up-regulated and 421 down-regulated in GG3 glands embedded in GS 4 + 3 = 7 as compared to GS 3 + 3 = 6 prostate cancer. We selected HELLS, ZIC2 and ZIC5 genes for further validation. ZIC5 mRNA was up-regulated 17 fold (p = 8.4E-07), ZIC2 8 fold (p = 1.3E-05) and HELLS 2 fold (p = 0.006) in GG3 glands derived from GS 4 + 3 = 7. HELLS expression of ≥ 1\% occurred in 10\% GS < 7, 17\% GS 7 and 43\% GS >7 prostate cancer (p < 0.001). Using a cut-off of ≥ 1\%, protein expression of ZIC5 was present in 28\% GS < 7, 43\% GS 7 and 57\% GS > 7 cancer (p < 0.001). ZIC2 was neither associated with GS nor outcome in our validation set. HELLS was independently predictive for biochemical-recurrence after radical prostatectomy (HR 2.3; CI 1.5-3.6; p < 0.01). In conclusion, HELLS and ZIC5 might be promising candidate markers for selection of biopsy GS 6 prostate cancer being at risk for up-grading at prostatectomy.}, language = {en} } @misc{GossingRadkeFrohmeetal.2016, author = {Gossing, Wilhelm and Radke, Lars and Frohme, Marcus and Biering, Henrik}, title = {ECS-Komplex - ein neuer Biomarker bei Wachstumshormonst{\"o}rungen?}, series = {Wissenschaftliche Beitr{\"a}ge 2016}, volume = {20}, journal = {Wissenschaftliche Beitr{\"a}ge 2016}, issn = {0949-8214}, doi = {10.15771/0949-8214_2016_1_3}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:526-opus4-5308}, pages = {23 -- 29}, year = {2016}, abstract = {St{\"o}rungen im Metabolismus des Wachstumshormons k{\"o}nnen sich als Wachstumshormonmangel oder -{\"u}berschuss (Akromegalie) {\"a}ußern. In beiden F{\"a}llen handelt es sich um seltene Krankheiten, die aufwendig behandelt werden m{\"u}ssen, da jeder Patient anders auf seine jeweilige Medikation anspricht. Zur Bestimmung des individuellen Ansprechverhaltens auf die medikament{\"o}se Behandlung wird Insulin-like Growth Factor 1 verwendet, das jedoch als unzuverl{\"a}ssig f{\"u}r die Therapiekontrolle gilt. Um die Diagnostik und Therapie von Wachstumshormonst{\"o}rungen zu verbessern, wurde in dieser Pilotstudie der Nutzen des neuen potenziellen Biomarkers Elongin B/C-Cullin5-Socs-box Komplex (ECS-Komplex) {\"u}berpr{\"u}ft. Die f{\"u}nf Proteine des Komplexes {\"u}ben zusammen einen negativen Feedback-Mechanismus auf den Wachstumshormonrezeptor aus und regulieren ihn in Abh{\"a}ngigkeit vom Wachstumshormonspiegel im Blut. F{\"u}r diese Pilotstudie wurden vier Patienten mit Wachstumshormondefizienz und 15 Patienten mit Akromegalie rekrutiert. Die Messung von Unterschieden in der Expression der Gene auf RNA-Ebene in Blutproben der Patienten erlaubt erste Aussagen {\"u}ber deren Eignung als therapeutische Marker f{\"u}r diese Krankheiten.}, language = {de} } @misc{BortzMarczokPospisil2016, author = {Bortz, Birgit and Marczok, Stefanie and Pospisil, Heike}, title = {Genomweite Identifizierung von chromosomalen Bruchpunkten bei Tumoren unterschiedlicher Gewebe}, series = {Wissenschaftliche Beitr{\"a}ge 2016}, volume = {20}, journal = {Wissenschaftliche Beitr{\"a}ge 2016}, issn = {0949-8214}, doi = {10.15771/0949-8214_2016_1_1}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:526-opus4-5286}, pages = {7 -- 14}, year = {2016}, abstract = {Aufgrund der j{\"a}hrlich ansteigenden Anzahl an Krebsneuerkrankungen und der t{\"o}dlichen Verl{\"a}ufe von malignen Tumoren gewinnt die vollst{\"a}ndige Aufkl{\"a}rung der Tumorgenese und -progression immer mehr an Bedeutung. F{\"u}r diese k{\"o}nnen Untersuchungen zu Bruchpunkten, die eine Kopienzahlvariation (CNV) in Krebsgenomen bewirken, genutzt werden. Es wurde eine Pipeline entwickelt, die in der Lage ist, CNVs, Bruchpunktregionen (BPRs) und Gene genomweit mit Hilfe von SNP-Array-Daten zu detektieren. Dazu wurden 2.820 Tumorproben aus 8 Tumorentit{\"a}ten untersucht und mit 432 Proben aus gesundem Gewebe verglichen. In den Tumorproben wurden vierfach mehr BPRs detektiert, wobei unter 5 \% der Gene in den Normalproben betroffen sind. Wir identifizierten 31 hochspezifische BPRs. Die am h{\"a}ufigsten vorkommende Variation umschließt das Gen KIAA0513, welches in Verbindung mit der Apoptose steht. Anhand der hier entwickelten Pipeline k{\"o}nnen erste Einblicke in CNV- und Bruchpunkt-Muster in Tumorgenomen gewonnen werden, die zu einem verbesserten Verst{\"a}ndnis der Tumorgenese und somit zu einer verbesserten Diagnostik und Therapie von Krebserkrankungen f{\"u}hren k{\"o}nnen.}, language = {de} }