@article{StandfussPospisilKlein2012, author = {Standfuß, Christoph and Pospisil, Heike and Klein, Andreas}, title = {SNP microarray analyses reveal copy number alterations and progressive genome reorganization during tumor development in SVT/t driven mice breast cancer}, series = {BMC Cancer}, volume = {12}, journal = {BMC Cancer}, number = {380}, issn = {1471-2407}, doi = {10.1186/1471-2407-12-380}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:526-opus4-6414}, pages = {15}, year = {2012}, abstract = {Tumor development is known to be a stepwise process involving dynamic changes that affect cellular integrity and cellular behavior. This complex interaction between genomic organization and gene, as well as protein expression is not yet fully understood. Tumor characterization by gene expression analyses is not sufficient, since expression levels are only available as a snapshot of the cell status. So far, research has mainly focused on gene expression profiling or alterations in oncogenes, even though DNA microarray platforms would allow for high-throughput analyses of copy number alterations (CNAs).}, language = {en} } @misc{WachholzBasilowskiStandfussetal.2013, author = {Wachholz, Linda and Basilowski, Nico and Standfuß, Christoph and Pospisil, Heike}, title = {Der Nacktmull als ein Modellorganismus f{\"u}r Krebsresistenz - Bioinformatische Analysen}, series = {Wissenschaftliche Beitr{\"a}ge 2013}, volume = {17}, journal = {Wissenschaftliche Beitr{\"a}ge 2013}, issn = {0949-8214}, doi = {10.15771/0949-8214_2013_1_4}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:526-opus4-3115}, pages = {23 -- 26}, year = {2013}, abstract = {Bei Nacktmullen wurde bisher Tumorentstehung nicht beobachtet. Zur Untersuchung der molekularen Ursachen dient der Nacktmull daher als ein wertvoller Modellorganismus f{\"u}r Krebsresistenz. Ziel dieser Arbeit war eine weiterf{\"u}hrende Analyse des k{\"u}rzlich publizierten Genoms des Nacktmulls. Eine Genvorhersage konnte auf Grundlage der vorhandenden Genom- und Transkriptomdaten durchgef{\"u}hrt und ein hypothetisches Netzwerk der Interaktionen der tumorinduzierenden Faktoren erstellt werden. Dieses Netzwerk basiert auf den Tumorsuppressor-Regulationswegen p53 und RB im Menschen. Die Genom- und Transkriptom-Daten des Nacktmulls weisen deutliche Unterschiede zu den Befunden im Menschen auf. Dieser Befund k{\"o}nnte ein erster Anhaltspunkt f{\"u}r die Aufkl{\"a}rung der molekularen Ursachen der Krebsresistenz von Nacktmullen sein.}, language = {de} } @misc{StandfussKleinPospisil2013, author = {Standfuß, Christoph and Klein, Andreas and Pospisil, Heike}, title = {Einfluss von Kopienzahlvariationen auf die Tumorentwicklung}, series = {Wissenschaftliche Beitr{\"a}ge 2013}, volume = {17}, journal = {Wissenschaftliche Beitr{\"a}ge 2013}, issn = {0949-8214}, doi = {10.15771/0949-8214_2013_1_5}, url = {http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:kobv:526-opus4-3435}, pages = {27 -- 30}, year = {2013}, abstract = {Tumorentstehung ist ein Prozess, bei dem die Abl{\"a}ufe innerhalb der Zelle schrittweise ver{\"a}ndert werden. Die vielf{\"a}ltigen Interaktionen bei der Tumorentstehung sind jedoch bislang nicht vollst{\"a}ndig erforscht. Bisher wurden vorwiegend Genexpressionsanalysen genutzt, die jedoch nur eine Zeitaufnahme aller Genexpressionen innerhalb der Zelle darstellen und somit allein nicht ausreichend zur Charakterisierung eines Tumors. Wir haben mithilfe von Affymetrix Mouse Diversity Genotyping Microarrays Mausbrustdr{\"u}sengewebe entsprechend unserem Dreistufen-Mausmodell analysiert und die Kopienzahl{\"a}nderungen berechnet. Wir fanden eine zunehmende stufenweise {\"A}nderung von den transgenen zu den Tumorproben. Die Berechnung von chromosomalen Segmenten mit gleicher Kopienzahl zeigte deutliche Fragmentmuster. Unsere Analysen zeigen, dass die Tumorentstehung ein schrittweiser Prozess ist, der sowohl durch Amplifikationen als auch Deletionen chromosomaler Abschnitte definiert ist. Wir fanden charakteristisch konservierte Fragmentierungsmuster und individuelle Unterschiede welche zur Tumorgenese beitragen.}, language = {de} }