Analytische Chemie
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Therapeutic monoclonal antibodies are the fastest-growing group of biological agents which generated a yearly turnover of USD 210 billion in 2022 and whose sales are expected to grow by 10% annually over the next 10 years. With steadily increasing market importance, analytical methods for reliable quantification of therapeutic antibodies also become more and more relevant. Liquid chromatography coupled with tandem mass spectrometry (LC–MS/MS) has become the main technology for antibody quantification. This approach, however, requires enzymatic digestion of the intact protein into peptides, for which a wide range of different protocols exists that often lead to different results depending on the digestion procedure or trypsin variants used. In particular, the amount and type of detergents added for protein unfolding prior to digestion is known to create significant bias in measurement results. The overall goal of the presented project is the application of novel thermostable and surface-functionalized trypsin particles for improved antibody digestion. Specifically, a trypsin-variant described in the literature exhibiting increased activity and thermal stability above 80°C, will be examined. The application of this enzyme should allow to perform digestion at elevated temperatures where the protein is naturally unfolding thereby increasing enzyme accessibility without the need for detergents. Furthermore, we will immobilize the thermostable trypsin onto the surface to further enhance enzyme stability, prevent self-digestion, and enable separation of trypsin from target peptides before LC–MS/MS analysis. As an immobilization platform, cheap and non-porous corundum particles will be used as these show high chemical stability and low levels of interaction of matrix proteins with the functionalized surface. adsorption. In a multidisciplinary collaboration with the SALSA Photonics Lab, we will investigate the characteristics of covalent enzyme binding and unspecific peptide binding using an interface-sensitive analytical tool, vibrational sum-frequency generation (VSFG) spectroscopy. The insights gained will not only lead to new competencies in peptide and enzyme surface analysis using VSFG spectroscopy in SALSA but will also significantly contribute to optimizing antibody quantification.
Antikörper sind in der medizinischen Welt nicht mehr wegzudenken. Ihr Einsatz-Repertoire als Therapeutika für die Behandlung diverser Krankheiten und Infektionen weitet sich von Jahr zu Jahr mehr aus. Dabei basiert ein Großteil der verwendeten Antikörper zu diesem Zeitpunkt auf monoklonalen Antikörpern auf Basis von Hybridomazellen. Doch hier könnten rekombinante Antikörper aufgrund ihrer Vektor-basierten Expression eine vielversprechende und womöglich sogar revolutionierende Alternative bieten. So ergeben sich neue Optimierungsoptionen für Merkmale wie Affinität, Stabilität und Kompatibilität über Anpassungen auf genetischer oder posttranslationaler Ebene. Allerdings ergibt sich kein Anwendungszweck ohne die vorhergehende detaillierte Charakterisierung der Antikörper. Denn nur mit spezifischem Wissen über die diversen Eigenschaften und Wechselwirkungen kann eine effektive und präzise Verwendung in der Diagnostik und Therapeutik gewährleistet werden und auf diese Weise Leben retten.
Aus diesem Grund beschäftigt sich diese Masterarbeit mit der Vertiefung der rekombinanten Antikörper-Thematik. Dazu soll ein Anti-Tetanus-Antikörper erstmals rekombinant in verschiedenen Zelllinien hergestellt und anschließend über umfangreiche analytische Verfahren mit einem Fokus auf die Einflussanalyse der unterschiedlichen posttranslationalen Glykosylierungen charakterisiert werden. Zu diesem Zweck wurden als Grundlage einerseits zwei P1316-Dual-Expressions-Vektoren mit variierenden Insert-Positionen der schweren und leichten Kette durch Gibson-Assembly sowie individuellen pRK5-Plasmide für eine separiert Expression der Antikkörperketten mithilfe Restriktionsfragment-Ligation generiert. In einer Gegenüberstellung der der Expressionsausbeuten stellte sich die Überlegenheit der P1316-Plasmid-Konfiguration heraus, in der das Leichtketten-Insert an der ersten Expressionsstelle positioniert ist. Deshalb wurde dieser Vektor als Ausgangspunkt für die anschließende hochskalierten Herstellung des Anti-Tetanus-Antikörpers in Expi293F-GnTI- und ExpiCHO-S-Zellen verwendet. Ein ELISA bestätigte die Bindungsaktivität der rekombinanten Antikörper am Tetanus-Toxoid unabhängig vom Expressionssystem. Nach einer folgenden Optimierung der für die Aufreinigung verwendeten Protein-A-Affinitätschromatographie, wurde über weitere Charakterisierungsmethoden wie Größenausschlusschromatographie und dynamische Lichtstreuung eine vergleichbare Aggregation aufgrund der sauren Elution aufgezeigt. In diesem Kontext wurde die Notwendigkeit einer Zweistufen-Präparation mit Affinitäts- und Größenausschlusschromatografie für den Erhalt monodisperser Proben verdeutlicht. Zudem wurden die verschiedenen intakten Massen mitsamt ihrer spezifischen Glykan-abhängigen Streumaßen in Relation zum monoklonalen NISTmAB-Referenzantikörper bestimmt. Dabei konnte den Erwartungen nach sowohl die geringere Masse als auch die uniformere Glykosylierung der in Expi293 GnTI- exprimierten Immunoglobuline in Relation zum ExpiCHO-S-Antikörper nachgewiesen werden. Anschließend wurde das Stabilitätsverhalten mittels thermischer Entfaltung und dynamischer Lichtstreuung über einen ausgeweiteten Zeitraum sowie verschiedenen Temperaturen dokumentiert. Grundlegend wurde eine höhere thermische Stabilität der zweiten konstanten Schwerketten-Domäne des aus ExpiCHO-S-Zellen stammenden Antikörpers nachgewiesen. Außerdem konnte eine problemlose Lagerungsfähigkeit beider unterschiedlich glykosylierter Antikörper bei Raumtemperatur für mindestens 4 Wochen festgestellt werden. Des Weiteren wurde die Langzeitlagerung im Rahmen der Auswirkung von Gefrier-Auftau-Zyklen mit gleichbleibenden Methoden sowie zusätzlicher Größenausschlusschromatographie erprobt. Hierbei stellte sich der Erhalt der strukturellen Integrität nach bis zu 15 Zyklen heraus. Allerdings geht die Monodispersität bereits nach wenigen Zyklen verloren, wobei die geringfügiger glykosylierten Expi293F-GnTI-Anti-Tetanus-Antikörper eine stärkere Beeinträchtigung durch multiple Gefrier-Auftau-Zyklen aufwiesen.
Metabolomics
(2024)
The poster describes how molecular biology, especially recombinant expression of proteins, in this case, an enzyme, can underpin developments of biosensors. The fumonisin oxidase produced by the fungus Aspergillus niger (AnFAO) is highly selective for the toxic mycotoxin fumonisin. Its structure and sequence has been published before. We took this information and expressed the enzyme in E. coli. The enzyme proved active and could be employed in an amperometric biosensor for the detection of the mycotoxin.
Immunoassays, based on analyte recognition and capture by highly selective antibodies with high affinity, are intensively used in all fields of laboratory diagnostics and in screen-ings of food and environmental samples. Yet, for many purposes, online sensors are desir-able, and, in principle, all immunoassay tech-niques can be integrated into lab-on-chip set-ups that can work as continuous monitoring devices. Yet, the challenge remains to devel-op platforms and elements that are fit for a quick transition of laboratory microplate as-says to immunosensors.
Interaction of L-phenylalanine with Magnetic Metal-Organic Framework: Electrochemical Analysis
(2023)
As the basic units of proteins, the importance of amino acids in organisms is self-evident and therefore detection of the concentration of amino acids is significant in monitoring human health. For example, patients suffering from phenylketonuria should be able to monitor their phenylalanine (PHE) level in a rapid, decentralized, and affordable manner to avoid high levels of PHE in the body which can lead to a profound and irreversible mental disability. Herein, a magnetic and conductive Iron based metal–organic framework (MOF) is prepared using tetrahydroxyquinone and benzene dicarboxylic acid, dual ligands. The uncoordinated carboxyl groups provided the binding sites for PHE. Physicochemical properties of MOF were characterized by XRD, SEM, DLS and FTIR analyses. The effects of different operational parameters: pH (2, 4, 6, 7.2, 8.6, 10, 12), contact time and MOF concentration were optimized for best properties using cyclic voltametric technique. The 10 µl of 1mg/ml MOF (pH 8.6) in deionized water was used as working electrode on screen-printed gold electrode. The presence of new well-defined oxidation and reduction current peak in electrochemical signal of MOF-modified SPGE sensor vs. Ag/AgCl in phosphate buffer solution (pH 1.9) remarks the quantification of PHE. The analytical calibration curve for PHE showed a linear response with concentration in the oxidation and reduction peak current range from 50 to 1000 µM, with a limit of detection (LOD) of 35.16 µM.
Im Vorhaben „MARKERIA - Bestimmung von anthropogenen Markerkonzentrationen für die SARS-CoV-2 Quantifizierung mittels eines Hochdurchsatzverfahrens (ELISA)“ geht es um die Bestimmung von Carbamazepin, Diclofenac, Koffein und einer endogenen Gallensäure als potentielle Marker für die Kalibrierung der SARS-CoV-2 Quantifizierung im Abwasser. Es ist ein Teilvorhaben des übergeordneten Projektes ESI-CorA und wird von der BAM im Auftrag des Umweltbundesamtes durchgeführt. Der Vortrag wurde gehalten im Rahmen der Abschlussveranstaltung des Projektes ESI-CorA. Er gab den Projektstand wieder, den UBA und BAM bis dahin erzielt hatten, das SARS-CoV-2 Virus und die anthropogenen Marker in 20 Kläranlagenzuläufen zu bestimmen und miteinander zu korrelieren.
Im Vorhaben „MARKERIA - Bestimmung von anthropogenen Markerkonzentrationen für die SARS-CoV-2 Quantifizierung mittels eines Hochdurchsatzverfahrens (ELISA)“ geht es um die Bestimmung von Carbamazepin, Diclofenac, Koffein und einer endogenen Gallensäure als potentielle Marker für die Kalibrierung der SARS-CoV-2 Quantifizierung im Abwasser. Der Vortrag wurde gehalten im Rahmen der 22. Sitzung des Begleitkreises des übergeordneten Projektes ESI-CorA. Er gab den Projektstand wieder, den die BAM bis dahin erzielt hatte. Die Marker waren in sämtlichen untersuchten Abwasser-Zulaufproben enthalten und zeigten spezifische Trends. Weitere Korrelationen müsse die weitergehende Datenauswertung ergeben.A