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DNA Microarrays, auch als DNA-Chips bekannt, werden verwendet,
um das Vorkommen von Genen bzw. Gentranskripten zu analysieren.
Sie finden breite Anwendung in der Diagnostik, der Genomanalyse
und bei der Erstellung von Genexpressionsprofilen. Vor der Analyse
muß auf Grund der oftmals geringen Menge an Probenmaterial eine
Vervielfältigung der Probe durchgeführt werden, die jedoch leicht zu
Fehlern führt. Im Rahmen dieses Projektes werden zwei experimentelle
Ansätze verfolgt, durch die ohne einen Verlust an Sensitivität
eine Vervielfältigung der Probe vermieden werden kann, 1) das Etablieren
eines RCA-basierten Microarray Assays und 2) die Optimierung
des Assays für die Detektion der Fluoreszenzsignale.
With rare exceptions, natural evolution is an extremely slow process. One particularly striking exception in the case of protein evolution is in the natural production of antibodies. Developing B cells activate and diversify their immunoglobulin (Ig) genes by recombination, gene conversion (GC) and somatic hypermutation (SHM). Iterative cycles of hypermutation and selection continue until antibodies of high antigen binding specificity emerge (affinity maturation). The avian B cell line DT40, a cell line which is highly amenable to genetic manipulation and exhibits a high rate of targeted integration, utilizes both GC and SHM. Targeting the DT40's diversification machinery onto transgenes of interest inserted into the Ig loci and coupling selective pressure based on the desired outcome mimics evolution. Here we further demonstrate the usefulness of this platform technology by selectively pressuring a large shift in the spectral properties of the fluorescent protein eqFP615 into the highly stable and advanced optical imaging expediting fluorescent protein Amrose. The method is advantageous as it is time and cost effective and no prior knowledge of the outcome protein's structure is necessary. Amrose was evolved to have high excitation at 633 nm and excitation/emission into the far-red, which is optimal for whole-body and deep tissue imaging as we demonstrate in the zebrafish and mouse model.