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Revision and reannotation of the Halomonas elongata DSM 2581(T) genome
- The genome of the Halomonas elongata type strain DSM 2581, an industrial producer, was reevaluated using the Illumina HiSeq2500 technology. To resolve duplication-associated ambiguities, PCR products were generated and sequenced. Outside of duplications, 72 sequence corrections were required, of which 24 were point mutations and 48 were indels of one or few bases. Most of these were associated with polynucleotide stretches (poly-T stretch overestimated in 19 cases, poly-C underestimated in 15 cases). These problems may be attributed to using 454 technology for original Genome sequencing. On average, the original genome sequence had only one error in 56 kb. There were 23 frameshift error corrections in the 29 protein-coding genes affected by sequence revision. The genome has been subjected to major reannotation in order to substantially increase the annotation quality.
Autor*innen: | F. Pfeiffer, I. Bagyan, Gabriela Alfaro Espinoza, M.-A. Zamora-Lagos, B. Habermann, A. Marin-Sanguino, D. Oesterhelt, Hans-Jörg KunteORCiD |
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Dokumenttyp: | Zeitschriftenartikel |
Veröffentlichungsform: | Verlagsliteratur |
Sprache: | Englisch |
Titel des übergeordneten Werkes (Englisch): | MicrobiologyOpen |
Jahr der Erstveröffentlichung: | 2017 |
Veröffentlichende Institution: | Bundesanstalt für Materialforschung und -prüfung (BAM) |
Verlag: | Wiley |
Jahrgang/Band: | 6 |
Ausgabe/Heft: | 4 |
Erste Seite: | Article e465, 1 |
Letzte Seite: | 6 |
DDC-Klassifikation: | Technik, Medizin, angewandte Wissenschaften / Ingenieurwissenschaften / Sanitär- und Kommunaltechnik; Umwelttechnik |
Freie Schlagwörter: | Frameshift; Genome annotation; Genome sequencing; Halomonas elongata; Halophilic bacteria; Sequence revision |
DOI: | 10.1002/mbo3.465 |
URN: | urn:nbn:de:kobv:b43-403292 |
ISSN: | 2045-8827 |
Verfügbarkeit des Dokuments: | Datei für die Öffentlichkeit verfügbar ("Open Access") |
Lizenz (Deutsch): | Creative Commons - Namensnennung |
Datum der Freischaltung: | 23.05.2017 |
Referierte Publikation: | Ja |
Datum der Eintragung als referierte Publikation: | 31.08.2017 |
Schriftenreihen ohne Nummerierung: | Wissenschaftliche Artikel der BAM |