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Revision and reannotation of the Halomonas elongata DSM 2581(T) genome

  • The genome of the Halomonas elongata type strain DSM 2581, an industrial producer, was reevaluated using the Illumina HiSeq2500 technology. To resolve duplication-associated ambiguities, PCR products were generated and sequenced. Outside of duplications, 72 sequence corrections were required, of which 24 were point mutations and 48 were indels of one or few bases. Most of these were associated with polynucleotide stretches (poly-T stretch overestimated in 19 cases, poly-C underestimated in 15 cases). These problems may be attributed to using 454 technology for original Genome sequencing. On average, the original genome sequence had only one error in 56 kb. There were 23 frameshift error corrections in the 29 protein-coding genes affected by sequence revision. The genome has been subjected to major reannotation in order to substantially increase the annotation quality.

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Metadaten
Autoren/innen:F. Pfeiffer, I. Bagyan, Gabriela Alfaro-Espinoza, M.-A. Zamora-Lagos, B. Habermann, A. Marin-Sanguino, D. Oesterhelt, Hans Jörg Kunte
Dokumenttyp:Zeitschriftenartikel
Veröffentlichungsform:Verlagsliteratur
Sprache:Englisch
Titel des übergeordneten Werkes (Englisch):MicrobiologyOpen
Jahr der Erstveröffentlichung:2017
Organisationseinheit der BAM:4 Material und Umwelt
4 Material und Umwelt / 4.1 Biologische Materialschädigung und Referenzorganismen
Veröffentlichende Institution:Bundesanstalt für Materialforschung und -prüfung (BAM)
Jahrgang/Band:6
Ausgabe/Heft:4
Erste Seite:Article e465, 1
Letzte Seite:6
DDC-Klassifikation:Technik, Medizin, angewandte Wissenschaften / Ingenieurwissenschaften / Sanitär- und Kommunaltechnik; Umwelttechnik
Freie Schlagwörter:Frameshift; Genome annotation; Genome sequencing; Halomonas elongata; Halophilic bacteria; Sequence revision
Themenfelder/Aktivitätsfelder der BAM:Umwelt
DOI:https://doi.org/10.1002/mbo3.465
URN:urn:nbn:de:kobv:b43-403292
URL:http://gateway.webofknowledge.com/gateway/Gateway.cgi?GWVersion=2&SrcAuth=Alerting&SrcApp=Alerting&DestApp=WOS&DestLinkType=FullRecord;UT=WOS:000407573700017
ISSN:2045-8827
Verfügbarkeit des Volltexts:Volltext-PDF für die Öffentlichkeit verfügbar ("Open Access")
Lizenz (Deutsch):License LogoCreative Commons - Namensnennung
Datum der Freischaltung:23.05.2017
Referierte Publikation:Ja
Datum der Eintragung als referierte Publikation:31.08.2017
Schriftenreihen ohne Nummerierung:Wissenschaftliche Artikel der BAM