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Predicting sites of cytochrome P450-mediated hydroxylation applied to CYP3A4 and hexabromocyclododecane

  • This article describes a simple and quick in silico method for the prediction of cytochrome P450 (CYP)-mediated hydroxylation of drug-like compounds. Testosterone and progesterone, two known substrates of CYP3A4, are used to test the method. Further, we apply the procedure to predict sites of hydroxylation of isomers of the flame retardant hexabromocyclododecane by CYP3A4. Within the method, the compound is rotated in the binding pocket of the cytochrome, so that each hydrogen under consideration is placed near the active centre. Afterwards, short molecular dynamics simulations are provided for each step of the rotation. All steps of the simulation are compared concerning the distances between the hydrogens and the active centre and the corresponding energies. The computational results correlate well with experimental results.

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Metadaten
Autoren/innen:O. Scharkoi, Roland Becker, Susanne Esslinger, M. Weber, Irene Nehls
Dokumenttyp:Zeitschriftenartikel
Veröffentlichungsform:Verlagsliteratur
Sprache:Englisch
Titel des übergeordneten Werkes (Englisch):Molecular simulation
Jahr der Erstveröffentlichung:2015
Organisationseinheit der BAM:1 Analytische Chemie; Referenzmaterialien
1 Analytische Chemie; Referenzmaterialien / 1.7 Organische Spuren- und Lebensmittelanalytik
Verlag:Gordon and Breach
Verlagsort:New York, NY
Jahrgang/Band:41
Ausgabe/Heft:7
Erste Seite:538
Letzte Seite:546
Freie Schlagwörter:Cytochrome P450; Hydroxylation; Metabolism of HBCD; Predicting sites of metabolism
DOI:https://doi.org/10.1080/08927022.2014.898845
URL:http://gateway.webofknowledge.com/gateway/Gateway.cgi?GWVersion=2&SrcAuth=Alerting&SrcApp=Alerting&DestApp=WOS&DestLinkType=FullRecord;UT=WOS:000350447500003
ISSN:0892-7022
ISSN:1029-0435
Verfügbarkeit des Volltexts:Volltext-PDF im Netzwerk der BAM verfügbar ("Closed Access")
Datum der Freischaltung:20.02.2016
Referierte Publikation:Ja
Datum der Eintragung als referierte Publikation:07.04.2014