TY - JOUR A1 - He, Shulin A1 - Johnston, P. R. A1 - Kuropka, B. A1 - Lokatis, S. A1 - Weise, C. A1 - Plarre, Rüdiger A1 - Kunte, Hans-Jörg A1 - McMahon, Dino Peter T1 - Termite soldiers contribute to social immunity by synthesizing potent oral secretions JF - Insect Molecular Biology N2 - The importance of soldiers to termite Society defence has long been recognized, but the contribution of soldiers to other societal functions, such as colony immunity, is less well understood. We explore this issue by examining the role of soldiers in protecting nestmates against pathogen infection. Even though they are unable to engage in grooming behaviour, we find that the presence of soldiers of the Darwin termite, Mastotermes darwiniensis, significantly improves the survival of nestmates following entomopathogenic infection. We also show that the copious exocrine oral secretions produced by Darwin termite soldiers contain a high concentration of Proteins involved in digestion, chemical biosynthesis, and immunity. The oral secretions produced by soldiers are sufficient to protect nestmates against infection, and they have potent inhibitory activity against a broad spectrum of microbes. Our findings support the view that soldiers may play an important role in colony immunity, and broaden our understanding of the possible function of soldiers during the origin of soldier-first societies. KW - External KW - Social KW - Immunity KW - Soldier KW - Antimicrobial KW - Proteome PY - 2018 DO - https://doi.org/10.1111/imb.12499 SN - 1365-2583 SN - 0962-1075 VL - 27 IS - 5 SP - 564 EP - 576 PB - Wiley-Blackwell CY - Oxford AN - OPUS4-45726 LA - eng AD - Bundesanstalt fuer Materialforschung und -pruefung (BAM), Berlin, Germany ER - TY - JOUR A1 - Ibrahim, B. A1 - McMahon, Dino Peter A1 - Hufsky, F. A1 - Beer, M. A1 - Ding, L. A1 - Le Mercier, P. A1 - Palmarini, M. A1 - Thiel, V. A1 - Marz, M. T1 - A new era of virus bioinformatics JF - Virus research N2 - Despite the recognized excellence of virology and bioinformatics, these two communities have interacted surprisingly sporadically, aside from some pioneering work on HIV-1 and influenza. Bringing together the Expertise of bioinformaticians and virologists is crucial, since very specific but fundamental computational approaches are required for virus research, particularly in an era of big data. Collaboration between virologists and bioinformaticians is necessary to improve existing analytical tools, cloud-based systems, computational resources, data sharing approaches, new diagnostic tools, and bioinformatic training. Here, we highlight current progress and discuss potential avenues for future developments in this promising era of virus bioinformatics. We end by presenting an overview of current technologies, and by outlining some of the Major challenges and Advantages that bioinformatics will bring to the field of virology. KW - Bioinformatics virology viruses software PY - 2018 DO - https://doi.org/10.1016/j.virusres.2018.05.009 SN - 0168-1702 SN - 1872-7492 VL - 251 SP - 86 EP - 90 PB - Elsevier CY - Amsterdam AN - OPUS4-45880 LA - eng AD - Bundesanstalt fuer Materialforschung und -pruefung (BAM), Berlin, Germany ER - TY - JOUR A1 - Ibrahim, B. A1 - Arkhipova, K. A1 - Andeweg, A.C. A1 - Posada-Céspedes, S. A1 - Enault, F. A1 - Gruber, A. A1 - Koonin, E.V. A1 - Kupczok, A. A1 - Lemey, P. A1 - McHardy, A.C. A1 - McMahon, Dino Peter A1 - Pickett, B.E. A1 - Robertson, D.L. A1 - Scheuermann, R.H. A1 - Zhernakova, A. A1 - Zwart, M.P. A1 - Schönhuth, A. A1 - Dutilh, B.E. A1 - Marz, M. T1 - Bioinformatics meets virology: The European virus bioinformatics center's second annual meeting JF - Viruses N2 - The Second Annual Meeting of the European Virus Bioinformatics Center (EVBC), held in Utrecht, Netherlands, focused on computational approaches in virology, with topics including (but not limited to) virus discovery, diagnostics, (meta-)genomics, modeling, epidemiology, molecular structure, evolution, and viral ecology. The goals of the Second Annual Meeting were threefold: (i) to bring together virologists and bioinformaticians from across the academic, industrial, professional, and training sectors to share best practice; (ii) to provide a meaningful and interactive scientific environment to promote discussion and collaboration between students, postdoctoral fellows, and both new and established investigators; (iii) to inspire and suggest new research directions and questions. Approximately 120 researchers from around the world attended the Second Annual Meeting of the EVBC this year, including 15 renowned international speakers. This report presents an overview of new developments and novel research findings that emerged during the meeting. KW - Bioinformatics KW - Software KW - Virology KW - Viruses PY - 2018 UR - https://nbn-resolving.org/urn:nbn:de:kobv:b43-458814 DO - https://doi.org/10.3390/v10050256 SN - 1999-4915 VL - 10 IS - 5 SP - 256, 1 EP - 19 PB - MDPI AN - OPUS4-45881 LA - eng AD - Bundesanstalt fuer Materialforschung und -pruefung (BAM), Berlin, Germany ER - TY - CONF A1 - Piechotta, Christian A1 - Iznaguen, H. A1 - Traub, Heike A1 - Feldmann, Ines A1 - Köppen, Robert A1 - Witt, Angelika A1 - Jung, Christian A1 - Becker, Roland A1 - Oleszak, K. A1 - Bücker, Michael A1 - Urban, Klaus A1 - Reger, Christian A1 - Ostermann, Markus T1 - Environmental sustainability and –stability of Materials concerning the Migration of pollutants N2 - MaUS is an acronym for ”Material und Umweltsimulationen“. Plastics are in the focus of environmental politics due to their long-term behaviour and therefore to their persistence. Not only that they appear as visible contaminants in the sea and on the beach, but their unknown behaviour concerning their additives as well as the related transformation products are anxious. Therefore, we wish to establish a certified reference method to provide a method for testing plastics. Aim of this project is the development of fast motion standard reference methods for testing plastics regarding to their environmental compatibility. To establish these testing methods, we use polystyrene (PS) and polypropylene (PP) with environmental relevant brominated flame retardants, known for their persistent bioaccumulative and toxic (PBT) properties. In case of PS the material contains 1 wt% of 1,2,5,6,9,10-hexabromocyclododecan (HBCD) and in case of PP 0.1 wt% bromodiphenylether (BDE-209), which is known as a substance of very high concern (SVHC). Furthermore, we use polycarbonate (PC), which is still used as material in baby flasks and releases Bisphenol A (BPA), an estrogenic active substance. As an additional material PTFE is used for its importance as a source for two ubiquitous environmental substances (PFOS and PFOA), whose toxicological effects are still incompletely known. The focus in this current work is set on the transfer of potential pollutants out of applied materials mentioned above into environmental compartments like water or soil. Here an accelerated aging concept should be developed to shortened time consuming natural processes. For these resulting simulations we use a programmable weathering chamber with dry and wet periods and with high and low temperatures. These programmes run for several weeks and according to a defined sampling schedule we take water samples, run a clean-up procedure by SPE (Molecular imprinted polymers (MiPs) resp. polymer-based cartridges (Waters Oasis HLB)) and analyse them by HPLC-UV resp. LC-MS/MS. Of most interest in case of flame retardants are photocatalytic transformation products. Therefore, we conduct a non-target-screening resp. a suspected target-screening by LC-MS/MS and HRMS. T2 - Project meeting PlasticsEurope - BAM CY - Leverkusen, Germany DA - 06.11.2018 KW - Environmental simulation KW - Pollutants PY - 2018 AN - OPUS4-47026 LA - eng AD - Bundesanstalt fuer Materialforschung und -pruefung (BAM), Berlin, Germany ER - TY - CONF A1 - Piechotta, Christian A1 - Iznaguen, H. A1 - Traub, Heike A1 - Feldmann, Ines A1 - Köppen, Robert A1 - Witt, Angelika A1 - Jung, Christian A1 - Becker, Roland A1 - Oleszak, K. A1 - Bücker, Michael A1 - Urban, Klaus A1 - Reger, Christian A1 - Ostermann, Markus T1 - TF-Projekt MaUS: Material und Umweltsimulation N2 - Gegenstand des Projekts ist die Prüfung der Umweltbeständigkeit und -verträglichkeit von Materialien und Produkten hinsichtlich der Emission von potenziellen Schadstoffen in die Umwelt. Hierzu werden chemisch-physikalische Einflüsse (Bewitterung) und mikrobielle Beanspruchungen an Modellmaterialien evaluiert. So werden die Freisetzungsraten von Schadstoffen in Abhängigkeit der Beanspruchung beschrieben. Als Modellmaterialien kommen die Polymere Polycarbonat, Polytetrafluorethylen, Polystyrol und Polypropylen zum Einsatz. Synergistische Effekte der Bewitterungsparameter und der mikrobiologischen Beanspruchung sollen dabei ebenso betrachtet werden, wie die gezielte Alterung. Auch findet eine Beschreibung des Verhaltens der ausgetragenen Schadstoffe in den Umweltkompartimenten Boden oder Wasser statt. Hier sind mit Hilfe der zu entwickelnden Screening- und non-Target-Analyseverfahren die Transformation und der Metabolismus durch Mikroorganismen zu beschreiben. Aus den Ergebnissen sollen Korrelationen zwischen den künstlichen Alterungsverfahren und realen Szenarien abgeleitet werden, die es gestatten, Schnellprüfverfahren zu etablieren, die die Simulation der realen Beanspruchungen im Zeitraffermodell anwendbar machen. Somit sollen standardisierbare Schnellbeanspruchungs-verfahren erarbeitet werden, die als Prüfeinrichtungen etabliert werden und von externen Auftraggebern zur Prüfung der Umweltbeständigkeit und -verträglichkeit von neuen Materialien genutzt werden können. Die Umweltwirkungen (chemisch-physikalisch und mikrobiologisch) sollen so definiert eingesetzt werden, dass eine reproduzierbare Prüfung möglich wird. Aus diesen Verfahren und Methoden sollen Normen abgeleitet werden, die eine standardisierte Materialprüfung ermöglichen. T2 - Projektmeeting BAM - Covestro CY - Leverkusen, Germany DA - 29.05.2018 KW - Umweltsimulation KW - Schadstoffaustrag PY - 2018 AN - OPUS4-47025 LA - deu AD - Bundesanstalt fuer Materialforschung und -pruefung (BAM), Berlin, Germany ER - TY - CONF A1 - Piechotta, Christian A1 - Iznaguen, Hassan A1 - Traub, Heike A1 - Feldmann, Ines A1 - Köppen, Robert A1 - Witt, Angelika A1 - Jung, Christian A1 - Becker, Roland A1 - Oleszak, Katrin A1 - Bücker, Michael A1 - Urban, Klaus A1 - Reger, Christian A1 - Ostermann, Markus T1 - Bewitterungsszenarien im Vergleich – Veränderungen in der Oberflächenmorphologie von Polypropylen (PP) und Polystyrol (PS) unter dem Aspekt des Austrags von polybromierten Flammschutzmitteln T2 - Umwelteinflüsse erfassen, simulieren, bewerten N2 - Gegenstand der vorzustellenden Arbeiten ist die Prüfung der Umwelt-beständigkeit und -verträglichkeit von Materialien und Produkten hinsichtlich der Emission von potenziellen Schadstoffen in die Umwelt. Hierzu werden chemisch-physikalische Einflüsse (Bewitterung) und mikrobielle Beanspruchungen an Modellmaterialien evaluiert. So werden die Freisetzungsraten von Schadstoffen in Abhängigkeit der Beanspruchung beschrieben. Als Modellmaterialien kommen die Polymere Polystyrol (PS) und Polypropylen (PP) zum Einsatz. Synergistische Effekte der Bewitterungsparameter und der mikrobiologischen Beanspruchung sollen dabei ebenso betrachtet werden, wie die gezielte Alterung. Auch findet eine Beschreibung des Verhaltens der ausgetragenen Schadstoffe in den Umweltkompartimenten Boden oder Wasser statt. Hier sind mit Hilfe der zu entwickelnden Screening- und non-Target-Analyseverfahren die Transformation und der Metabolismus durch Mikroorganismen zu beschreiben. Aus den Ergebnissen sollen Korrelationen zwischen den künstlichen Alterungsverfahren und realen Szenarien abgeleitet werden. T2 - 47. Jahrestagung der GUS CY - Blankenloch-Stutensee, Germany DA - 21.03.2018 KW - Schadstoffaustrag KW - Umweltsimulation KW - Bewitterung PY - 2018 SN - 978-981-18507-2-7 VL - 47 SP - 115 EP - 128 AN - OPUS4-49802 LA - deu AD - Bundesanstalt fuer Materialforschung und -pruefung (BAM), Berlin, Germany ER - TY - CONF A1 - Piechotta, Christian A1 - Iznaguen, H. A1 - Traub, Heike A1 - Feldmann, Ines A1 - Köppen, Robert A1 - Witt, Angelika A1 - Jung, Christian A1 - Becker, Roland A1 - Oleszak, K. A1 - Bücker, Michael A1 - Urban, Klaus A1 - Reger, Christian A1 - Ostermann, Markus T1 - Bewitterungsszenarien im Vergleich – Veränderungen in der Oberflächenmorphologie von Polypropylen (PP) und Polystyrol (PS) unter dem Aspekt des Austrags von polybromierten Flammschutzmitteln N2 - In addition to previously reported results on the simulated aging of polystyrene samples (PS) containing 1 wt. % hexabromocyclododecane (HBCD), we present the first results of our investigations of polypropylene (PP)-samples containing 0.1 wt. % BDE-209. All studied polymer samples were exposed to a defined weathering schedule in a climate chamber in accordance to regulation EN ISO 4892-3:2006.For the determination of BDE-209 in the collected rain water samples derived from the used climate chamber, the samples were prepared in accordance with a validated protocol. Before the analyses, each sample was spiked with 2 µL of isotopically labeled BDE-209 (13C10-BDE-209) to serve as internal standard (ISTD) in the performed stable isotope dilution analysis. Subsequently the samples were extracted with isooctane, the obtained aliquots of the extracts were concentrated to 200 µL and 2 µL of the resulting solution were injected to the GC/MS for quantification. Additionally, the total bromine contents are monitored for the aged and untreated samples using laser ablation inductively coupled plasma mass spectrometry (LA-ICP-MS) as well as X-ray fluorescence analysis (XRF) as non-destructive and rapid method. Furthermore, results from surface analysis using environmental scanning electron microscopy (ESEM) for morphological characterization of the aged and untreated samples were presented and discussed. In general, the resulting data from the accelerated aging will be compared to those from the natural weathering experiments (“atmospheric exposure”, in soil). The atmospheric exposure was performed by placing the samples on a weathering rack, which is aligned in SW direction (in a 45° angle to the horizon). The weathering data were regularly recorded by Deutscher Wetterdienst at this site. The surfaces of the test specimens (aged and stored references) were analyzed by ESEM as well as by LA-ICP-MS and by XRF. The surface of PS and PP specimens aged outdoors present the aging under real conditions and allow the comparison to the accelerated aged specimens by means of the weathering chamber. This way, we explore the efficiency of the accelerated aging procedure, which provides the advantage of well-defined and reproducible conditions compared to natural weathering, as a tool for testing different plastic materials. Additionally “in soil” experiments were conducted in-door in a well characterized testing soil. The soil (boulder-clay, sand with 12 % loam, particle size in total 0.2-4 mm) is filled in a free-draining concrete basin inside of an air-conditioned room. In this manner, TOC, water capacity and humidity are recorded parameters. To assure a washing out process from the samples by the raining water, the target water content is calculated to 8%. The actual humidity is measured by a tensiometer, assuring the duration of the raining period. The water content is additionally monitored by weight of the basin, capturing water from raining periods. The correct humidity is a fundamental parameter for biological activity. Samples of PS resp. PP were of dimension 10x1cm and 5 specimens were placed up to the half in the soil per basin. Microbial activity of the soil, monitored by the reference polyurethane, sets HBCD resp. BDE-209 of the samples free and will be leached from the samples by raining water. Thereafter these will be captured by passive samplers placed in a distinct distance to the samples in the soil. The “in soil” experiments are complementary to the weathering experiments due to the biological activity in the soil. These experiments simulate the fate of the brominated flame retardants in the biosphere. N2 - Gegenstand der vorzustellenden Arbeiten ist die Prüfung der Umweltbeständigkeit und -verträglichkeit von Materialien und Produkten hinsichtlich der Emission von potenziellen Schadstoffen in die Umwelt. Hierzu werden chemisch-physikalische Einflüsse (Bewitterung) und mikrobielle Beanspruchungen an Modellmaterialien evaluiert. So werden die Freisetzungsraten von Schadstoffen in Abhängigkeit der Beanspruchung beschrieben. Als Modellmaterialien kommen die Polymere Polystyrol (PS) und Polypropylen (PP) zum Einsatz, die jeweils mit polybromierten Flammschutzmitteln (PBFSM) versehen sind. Synergistische Effekte der Bewitterungsparameter und der mikrobiologischen Beanspruchung sollen dabei ebenso betrachtet werden, wie die gezielte Alterung. Auch findet eine Beschreibung des Verhaltens der ausgetragenen Schadstoffe in den Umweltkompartimenten Boden oder Wasser statt. Hier sind mit Hilfe der zu entwickelnden Screening- und non-Target-Analyseverfahren die Transformation und der Metabolismus durch Mikroorganismen zu beschreiben. Auch soll mit Hilfe der RFA und der LA-ICP-MS die Abreicherung der PBFSM in den Modellmaterialien beschrieben werden. Aus den Ergebnissen sollen Korrelationen zwischen den künstlichen Alterungsverfahren und realen Szenarien abgeleitet werden. T2 - 47. Jahrestagung der GUS 2018 CY - Stutensee - Blankenloch, Germany DA - 21.03.2018 KW - Polypropylen KW - Polystyrol KW - Flammschutzmittel KW - XRF KW - LA-ICP-MS PY - 2018 AN - OPUS4-47024 LA - deu AD - Bundesanstalt fuer Materialforschung und -pruefung (BAM), Berlin, Germany ER - TY - CONF A1 - Stephan, Ina A1 - Gorbushina, Anna T1 - Pilze als Besiedler von Kulturgut: Wechselwirkungen mit Material erkennen und einschätzen N2 - Mikroskopische Pilze, die sich schnell auf verfügbaren Oberflächen ausbreiten können und die wir (wenn sie sich ansammeln), auch mit bloßem Auge erkennen können, werden Schimmelpilze genannt. Da diese Organismen verschiedene organische Kohlenstoffverbindungen als Nahrung benutzen, werden sie sich bei wachstumfördernden Feuchtigkeitsbedingungen in Bibliothekbeständen schnell ausbreiten können. Im Vortrag werden Haupteigenschaften aller Pilze, sowie auch aktuelle Methoden der Identifizierung dieser Organismen erörtert. Benutzung geeigneter Lebendkulturen als Referenzorganismen geben der Materialprüfung und -forschung eine Möglichkeit des reproduzierbaren Experimentierens mit verschiedenen Materialien und Simulation von Bedingungen im Gebrauch. Vorteile unserer Testverfahren sind: (i) Zeitraffung und Kontrollierbarkeit der Umweltparameter; (ii) Benutzung einer naturnahen Vergesellschaftung; iii) gezielte Variationen der Prüfbedingungen im Labor. Ziel dieser Untersuchungen ist einerseits biogene Schäden an neuen Materialien zu verfolgen und zu modellieren, und damit eine bessere Planungsgrundlage für die Materialentwicklung anzubieten. Andererseits werden mit den Referenzorganismen mikrobiologisch moderne und zeitraffende Techniken angeboten, die neue Behandlungsmethoden oder Pflegeverfahren für die Bestandserhaltung erwarten lassen. T2 - 8. Tag der Bestandserhaltung CY - Freie Universität Berlin, Berlin, Germany DA - 27.09.2018 KW - Kulturgut KW - Pilz KW - Schimmel KW - Bestandserhaltung PY - 2018 AN - OPUS4-46293 LA - deu AD - Bundesanstalt fuer Materialforschung und -pruefung (BAM), Berlin, Germany ER -